应与皮肤利什曼病、雅司、皮肤结核及肿瘤等相鉴别。此外，还应与其他深部真菌病如组织胞浆菌病、球孢子菌病、放线菌病、芽生菌病、隐球菌病及孢子丝菌病等相鉴别。对内脏型副球孢子菌病则应与黑热病、结核性淋巴结炎、结核性腹膜炎等相鉴别。
