组织病理学可见肿瘤位于真皮内，境界清楚，有或无包膜。可与表皮相连，若穿透表皮，则与增厚的表皮角质形成细胞融合。瘤细胞主要有2型：一型为大的空泡化透明细胞、圆形、胞核小、深染，胞核清楚、位于边缘，此种细胞在肿瘤生长超过2年以上时明显增多;另一型为嗜碱性汗孔瘤样细胞。两种细胞间可见过渡型细胞。有时在瘤体周边见导管样腔隙，类似末端汗管。PAS染色可见沿透明细胞边缘处PAS染色阳性的耐淀粉酶物质沉积。
在组织病理的鉴别上，透明细胞汗腺瘤应注意与圆柱瘤、软骨样汗腺瘤及小汗腺汗孔瘤等汗腺肿瘤相区别;还应注意与皮脂腺腺瘤、外毛根鞘瘤、基底细胞癌、鳞癌或内脏转移癌相区别。
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