本病需要与手足口病，柯萨奇病毒感染相鉴别。
手足口病是一种常见及轻微、但传染度颇高的传染病，可由多种的肠道病毒引致，常见于夏天及初秋时分。此病多发生于5岁以下儿童，可引起手、足、口腔等部位的疱疹，少数患儿可引起心肌炎、肺水肿、无菌性脑膜脑炎等并发症。
柯萨奇病毒感染首先于纽约柯萨分离出病毒而得名，典型症状为疱疹性咽峡炎，即在鼻咽部、会厌、舌和软腭部出现小疱疹等。皮疹可为疱疹和斑丘疹，主要分布于躯干外周侧、背部、四肢背面，呈离心性分布，尤以面部、手指、足趾、背部皮疹多见，故称手、足、口三联症。
