西医诊断：
1.急性菌痢
(1)流行病学：病前1周内有不洁饮食史，或与菌痢患者接触史。多见于夏秋季。
(2)临床特点：有发热、腹痛、腹泻(每日十余次至数十次)，里急后重，脓血粘液便等症状，左下腹压痛。
(3)实验室检查
①粪便镜检多数成堆的白细胞或脓细胞，满视野分散的红细胞，并有巨噬细胞。或镜检10个高倍视野，平均每视野白细胞10个以上，或连续两次检查每视野平均5个以上。②粪便或肛拭子培养生长志贺菌。
③荧光抗体染色法检查粪便中志贺菌抗原成分，获得阳性结果。
2.中毒性菌痢
多见于2～7岁儿童，发病急，病情发展快。突起高热(少数体温不升)。腹泻一般较轻(成人患者腹泻较明显)，粪便或灌肠液检查发现脓血或较多白细胞及红细胞，并迅速出现下列情况1种或1种以上。(1)中枢神经系统症状：精神萎靡、嗜睡、躁动、谵妄、反复惊厥、神志不清、昏迷等。
(2)循环系统症状：面色苍白或灰白，四肢发凉，紫绀，脉细速，脉压差小，血压下降等(排除脱水因素)。3.慢性菌痢
(1)急性发作型：病前2～6个月内有菌痢病史，本次发作前有受凉、进食生冷饮食或劳累等诱因。有急性菌痢症状，并能排除再感染者。粪便检查符合菌痢改变。
(2)迁延型：过去有菌痢病史，多次发作，症状典型或不典型;或急性菌痢迁延不愈，病程超过两个月者。如能排除其他原因，或粪便培养生长志贺菌，可以确诊。
(3)隐匿型：有菌痢病史，临床症状已消失两个月以上，但粪便培养阳性，或肠镜检查肠粘膜有病变者。
西医诊断依据:
本病的诊断必须综合流行病学资料、临床表现及实验室检查，力求及早确诊。应重视粪便检查，典型菌痢的大便量较少，纯为粘液及脓血，显微镜下可见大量红细胞和脓细胞。大便培养找到痢疾杆菌是确诊的依据。为提高培养阳性率，必须在发病早期抗菌药物治疗之前取新鲜、带有脓血的大便在床旁接种或及时送实验室。必须反覆多次送验，至少应连续3次。分离得痢疾杆菌后，应行菌型鉴定和药敏试验。荧光抗体染色法和免疫荧光菌球法较培养法敏感，有早期诊断价值。
西医鉴别诊断：
1.急性菌痢应与下列疾病相鉴别
(1)阿米巴痢疾：近年来本病发病率明显降低，患者多为散发，缓慢起病，少有发热，腹痛轻，里急后重轻、大便次数不多，呈暗红色或紫红色果酱状，新鲜大便可查见原虫或包囊。
(2)病毒性肠炎：以轮状病毒、诺瓦克病毒为常见。急性起病，呕吐、发热与腹泻为其临床特点。大便呈水样，偶带粘液。留粪便标本用电镜或免疫学方法直接查病毒或病毒抗原可确诊;取双份血清检测特异性抗体，亦可确诊。
(3)沙门菌肠炎：肠炎沙门菌、鼠伤寒沙门菌和婴儿沙门菌常引起人类肠炎。临床多为轻度腹泻，病程短，但鼠伤寒沙门菌感染发热期较长，大便中常带粘液和脓血。抗生素治疗效果差，粪便培养可分离出沙门菌。
(4)产肠毒素性大肠杆菌肠炎：主要表现为呕吐、腹痛、腹泻。以粪便细菌培养、动物结肠结扎试验(证实肠毒素存在的检测方法)及血清凝集试验可与急性菌痢相鉴别。
(5)难辨梭状芽胞杆菌肠炎：老年患者使用抗生素过程中出现腹泻，必须考虑此病。表现为腹痛、腹泻、可伴发热，大便呈水样或粘液便，迁延数日可出现粘液血便。
另外，急性菌痢应注意与空肠弯曲菌肠炎、副溶血弧菌肠炎、耶尔森菌肠炎、类志贺毗邻单胞菌肠炎、亲水气单胞菌肠炎等相鉴别。
2.中毒性菌痢与下列疾病鉴别
(1)流行性乙型脑炎：急起高热、头痛、呕吐、惊厥为其临床特点。与中毒性菌痢的鉴别，可用1%温盐水灌肠，取灌肠液检查;或作腰椎穿刺，检查脑脊液，流行性乙型脑炎患者脑脊液有异常改变，而中毒性菌痢患者的灌肠液中有粘液，涂片镜检有大量红、白细胞。
(2)肺炎：有呼吸急促、咳嗽、紫绀，肺部体征，外周血白细胞计数及中性粒细胞显著增高，X线检查肺部可有病变。
(3)脑型疟疾：根据流行病学史，临床特点和血涂片检查疟原虫，不难作出诊断。
(4)重度中暑:有高温接触史，肛温显著升高，皮肤灼热无汗，可伴有谵语、惊厥及昏迷等神经症状，而粪便涂片镜检无异常。
3.慢性菌痢需与下列疾病鉴别
(1)慢性溃疡性结肠炎：病程长，抗菌痢治疗无效。肠镜检查可见肠粘膜有广泛出血点或溃疡，粘膜脆性强易出血。晚期钡剂灌肠X线检查，可见结肠袋消失，结肠变短，管腔变小，可见狭窄区。
(2)直肠或结肠癌：发生于40岁以上者较多，常见血便或脓血便，随后出现腹泻、体重减轻、贫血等表现。做直肠镜、乙状结肠镜及活体组织检查可确诊;高位者需行钡灌肠X线检查或纤维结肠镜检查。
(3)慢性血吸虫病：有流行区河水接触史，肝脾多肿大，血象嗜酸粒细胞增多，血清环卵沉淀试验阳性，粪便孵化沉淀检查有毛蚴，肠镜检查直肠粘膜充血水肿，肠粘膜活检可见血吸虫卵。
